L’Arafer, l’Autorité de régulation des activités ferroviaires et routières, a rendu public les cinq lignes de train qui pourraient faire rouler des trains concurrents de ceux de la SNCF : Paris Nord — Bruxelles Nord ; Paris Bercy — Lyon Perrache ; Paris Bercy — Nice en horaire de nuit ; Paris-Bercy — Toulouse ; et Paris Austerlitz — Bordeaux. Ces lignes, qui comptent 25 arrêts intermédiaires, sont dans le collimateur du seul FlixTrain. SNCF Réseaux avait pourtant indiqué que deux opérateurs étaient potentiellement intéressés, mais finalement seul le groupe allemand est partant.
Pas question pour FlixTrain de faire circuler des TGV sur ces lignes. L’entreprise cherche plutôt à se positionner sur le créneau des Intercités, avec des prix abordables. FlixTrain a identifié une forte demande pour des transports bon marché sur ces lignes, et c’est ce que la société compte proposer. Pour réduire les frais, elle va faire appel à des partenaires qui auront pour tâche de faire rouler les trains ; FlixTrain se concentrera sur la vente des billets et la planification du réseau.
Les régions disposent désormais d’un délai d’un mois pour demander à l’Arafer un test d’« équilibre économique », qui déterminera si cette concurrence est de nature à compromettre la viabilité d’un service public existant. Dans le cas de ces lignes, il s’agit des trains TER régionaux. FlixTrain, tout comme FlixBus, sont des filiales du groupe allemand FlixMobility. L’entreprise opère outre-Rhin depuis l’an dernier.